Über die Kindheit von Johannes Budenhagen ist wenig bekannt, wahrscheinlich besuchte er die Schule in Wollin.

Nach seinem Studium wirkte er zuerst in Treptow an der Rega (im heutigen Polen) und schloss sich dort den Ideen von Marin Luther an. Anschließend wirkte er in Wittenberg in der Stadtkirche und der dortigen Universität, außerdem noch als Generalsuperintendent des sächsischen Kurkreises.

Er entwickelte für 10 verschiedene Städte bzw. Regionen Kirchordnungen und erlangte durch die Übersetzung der Bibel Bedeutung in der neu entstandenen Evangelischen-lutherischen Kirche.

Das Verhältnis zu Marin Luther wurde darüber hinaus gestärkt weil er dessen Heirat vorgenommen hatte und die Kinder von Marin Luther getauft hatte. Nach dessen Tod lastete die Verantwortung für die Reformation bei ihn. Trotz der Waffengewalt des Königs und der lebensbedrohlichen Situation blieb er in Wittenberg und verpflichtete sich dort gegenüber seiner Gemeinde. Auch nach der Kapitulation von Wittenberg bemühte er sich im Interesse der Stadt um ein gutes Verhältnis zum neuen König. An den Verhandlungen für eine Rekatholisierung nahm er in Celle teil.

Seine seelsorgerische Arbeit nahm er bis zum Ende seiner Lebens war. Das Predigtamt musste er kurz vor seinem Tod aufgeben. Seine Lebensleistungen wirkten auch über seinen Tod hinaus, bis in zur Gegenwart entstehen über ihn wissenschaftliche Arbeiten und Aufsätze.